El hallazgo de que la autofagia puede secuestrar bacterias intracelulares y mediar su destrucción tiene abierta la puerta a un papel más amplio para la autofagia como un brazo efector del sistema inmune. En la inmunidad innata, la autofagia funciona debido a los receptores de reconocimiento de patrones donde se facilita un número de respuestas efectoras, incluyendo la producción de citoquinas y fagocitosis. La autofagia también es capaz de intersectar las vías de inmunidad innata y adaptativa a través de su potencial de ofrecer a los antígenos para la presentación de antígenos.
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